La Chiesa di Santa Maria era situata tra il Castello e il Monastero Benedettino.
Si dice, ma non è storicamente documentato, che sia stata fondata nel XII sec. da un certo Ugo di Torre a Cona come voto da sciogliere alla Madonna in seguito al ritrovamento in un pagliaio del proprio figlio smarrito dalla nutrice.
Quando nel 1298 le Monache di S. Ilario abbandonarono definitivamente il Monastero per passare in quello di S. Pancrazio a Firenze, la chiesa divenne possedimento effettivo dei Monaci Vallombrosani che vi insediarono una piccola comunità con a capo un Priore.
Questo piccolo nucleo vi rimase fino al 15 ottobre 1652 quando il Papa Innocenzo X soppresse tutte le piccole comunità religiose.
Dopo la Bolla Papale di Innocenzo X, il Vescovo di Fiesole, Roberto Strozzi, affidò la cura della Chiesa ai Sacerdoti secolari, rimanendo però ancora sotto il Patronato dei Monaci Vallombrosani. Lo stemma abbaziale si nota ancora, consunto, sopra la porta d’ingresso.
Prima di lasciare il Patronato della Chiesa, l’Abbazia di Vallombrosa curò nel 1772 la ristrutturazione dell’altare maggiore in forma più elegante, come si può vedere da una lapide posta sotto detto altare. E’ probabile che in questa occasione sia stata collocata la grande tela raffigurante la Natività di Maria del 1773.
Il 5 giugno 1784 il Vescovo di Fiesole, Ranieri Mancini, separò la Chiesa da Vallombrosa e la dichiarò inamovibile; tuttavia, il patronato monastico durò fino al 1809 con la soppressione napoleonica.
Oltre al restauro del 1772, la Chiesa ebbe altri due restauri importanti per la sua struttura attuale.
Nel 1822 con il contributo del Granduca Ferdinando III e il concorso dell’allora parroco Don Lorenzo Carotti, venne costruito l’arco sorretto da due colonne che divide l’attuale navata dal presbiterio, realizzando una copertura a crociera arricchita da pitture e frasi bibliche, mentre la volta della Navata fu decorata con pitture floreali. L’altro restauro, quello del 1874, eseguito dal Parroco Pietro Marini, incastonò la tela della Natività nella bella cornice di pietra e rimane a conferma la scritta con il nome di detto parroco sopra la stessa cornice.
Nel 1975, essendo parroco Don Enzo Cocchetti, in seguito al crollo di una parte del tetto, la Soprintendenza ai Monumenti di Firenze, sotto la direzione dell’Architetto Casini, intervenne riducendo la Chiesa allo stato attuale.Adiacente alla Chiesa, dalla parte sinistra, era stato costruito, ed era già in funzione nel 1500, l’Oratorio della Compagnia del Santissimo Sacramento dell’Eucarestia; oggi, questa Cappella, rinnovata e ripulita nel 2012 da volontari facenti parte del Gruppo della Divina Misericordia, è diventata Cappella della Divina Misericordia; accanto all’altare, dalla parte sinistra, è stata collocata una statua molto grande di Gesù Misericordioso, raffigurato con i raggi secondo il disegno di Santa Faustina.
In questa Cappella, ogni quarta domenica del mese, si celebra la messa della Divina Misericordia.
